Duhovnost i duhovni sadržaji temelj su programa Akademije, a nadopunjeni su programima edukacije o alatima civilnog angažmana utemeljenog na kršćanskim vrijednostima s ciljem društvenih promjena.

U sklopu Akademije Merz-Instituta provode se programi usmjereni na osvještavanje važnosti civilnog društva u socijalnom poslanju Crkve te uloge laika, suradnika Crkve, u naviještanju i življenju Evanđelja.

Jedan od ciljeva programa Akademije Merz-Instituta na Pašmanu, čiji je pilot program pokrenut 2022., usmjeren je na pokretanje novih kršćanskih inicijativa, njihovo osnaživanje i povezivanje.